Hội có hệ thống tổ chức thành viên, bao gồm: 10 hội kế toán tỉnh, thành phố; 2 hội kế toán chuyên ngành (Hội Kế toán Kho bạc Nhà nước, Hội Kiểm toán viên hành nghề Việt Nam- VACPA); 6 phân hội kế toán chuyên ngành (tại các bộ, ngành); 6 chi hội kế toán trực thuộc và 3 hội viên tổ chức.Hội có bốn tổ chức trực thuộc:- Câu lạc bộ Kế toán trưởng toàn quốc (CAC), tập hợp các kế toán trưởng doanh nghiệp, cơ quan hành chính sự nghiệp, giám đốc tài chính, chuyên gia kế toán, kiểm toán. Hội viên được tham gia các sinh hoạt chuyên môn của Câu lạc bộ một năm hai lần, được cập nhật kiến thức, thảo luận các vấn đề liên quan đến nghề nghiệp kế toán, kiểm toán, được tặng ấn phẩm thông tin và lý luận của Hội và tham gia nhiều hoạt động ngoại khóa khác...- Trung tâm Nghiên cứu và tư vấn khoa học kế toán, cung cấp nhiều loại hình đào tạo: Bồi dưỡng kế toán trưởng; cập nhật kiến thức; bồi dưỡng thi cấp chứng chỉ kế toán viên hành nghề; đào tạo kế toán viên...; Thực hiện tư vấn nghiệp vụ cho các đối tượng có nhu cầu - Ban Quản lý hành nghề kế toán, thực hiện việc quản lý hành nghề kế toán của Hội theo quy định của Bộ Tài chính: tiếp nhận hồ sơ đăng ký và công khai danh sách doanh nghiệp, cá nhân đủ điều kiện cung cấp dịch vụ kế toán; kiếm tra, kiểm soát chất lượng dịch vụ kế toán và đạo đức của người hành nghề kế toán; cập nhật kiến thức cho kế toán viên hành nghề...- Tạp chí Kế toán, cơ quan thông tin lý luận của Hội, là diễn đàn của hội viên và những người làm nghề kế toán, kiểm toán trong cả nước...